Sus orígenes se remontan al s. XVIII. Primero en Cádiz en la sede de la Academia de Guardias Marinas (1753). En 1798 el entonces Real Observatorio de Cádiz fue traladado a la Isla de León. Desde 1804 desaparece la dependencia orgánica de la Academia y comienza su andadura científica. Se añadieron a sus tareas astronómicas misiones como el cálculo de las efemérides y la publicación del Almanaque Náutico, el Curso de Estudios Superiores, el Depósito de Cronómetros e Instrumentos de la Marina, las observaciones meteorológicas, sísmicas y magnéticas, y la determinación científica de la hora